Во Франции были найдены наскальные рисунки, возраст которых 20 000 лет, на которых изображены лошади очень похожие на современных аппалуза. В Китае уже в 17 веке рисовали эту породу.

При освоении северной Америки испанцы ввезли лошадей этой породы. Отбор и разведение по типу начался с того момента, когда белые поселенцы обосновались в северо-западном районе Палуза, из-за чего порода и получила свое название. С 1800-х и до 1938 г.г. никто всерьез не занимался селекцией аппалуза.